Η πιο ευρέως χρησιμοποιούμενη μέθοδος στην ανάλυση μοριακής βιολογίας είναι η αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης με βάση το DNA (PCR). Αυτή η μέθοδος χρησιμοποιείται στη μικροβιολογική ανάλυση των τροφίμων και έχει υψηλή ευαισθησία.
Η μέθοδος αλυσωτής αντίδρασης πολυμεράσης (PCR) εισήχθη για πρώτη φορά στο 1985 και έκανε μια σημαντική ανακάλυψη στην έρευνα. Αυτή η μέθοδος ανάλυσης χρησιμοποιείται για τον προσδιορισμό της ποσότητας των γενετικών μεταβολών που περιέχονται στα τρόφιμα. Η βάση αυτής της μεθόδου είναι η ενίσχυση των νουκλεϊκών οξέων υπό κατάλληλες συνθήκες. Στην τεχνική PCR είναι δυνατή η εργασία με μια μικρή ποσότητα DNA. Αυτή η τεχνική παρέχει μεγάλη ταχύτητα και ακρίβεια στις εργαστηριακές μελέτες.
Σήμερα, οι παθογόνοι μικροοργανισμοί από τα τρόφιμα προκαλούν περισσότερες ασθένειες, θανάτους και οικονομικές απώλειες από ό, τι πριν. Για το λόγο αυτό, στη βιομηχανία τροφίμων, απαιτούνται μέθοδοι δοκιμών και ανάλυσης που απαιτούν ταχύτερα και ακριβέστερα αποτελέσματα από τις συνήθεις μεθόδους για την ασφάλεια των τροφίμων. Οι μοριακές βιολογικές εξελίξεις αναπτύσσονται και χρησιμοποιούνται στη μικροβιολογία τροφίμων. Η χρήση αυτών των μεθόδων κατέστη αναγκαία όσον αφορά την προστασία της ανθρώπινης υγείας και την ευαισθησία στις περιβαλλοντικές συνθήκες.
Οι γονοτυπικές μέθοδοι προτιμώνται περισσότερο στην ταυτοποίηση μικροοργανισμών. Η τροποποίηση των γενετικών χαρακτηριστικών των φυτών είναι η διαδικασία αλλαγής του DNA του φυτού, για παράδειγμα με μεταφορά ενός συγκεκριμένου γονιδίου από έναν μικροοργανισμό.
Με αυτόν τον τρόπο, οι επιθυμητές ιδιότητες δίδονται στη μονάδα. Για παράδειγμα, στην παραγωγή σόγιας, γίνεται μεταφορά γονιδίων για να διευκολυνθεί η καταπολέμηση των ζιζανίων χωρίς να επηρεάζεται η κανονική ανάπτυξη αυτού του φυτού. Κανονικά, αυτές οι μεταφορές γονιδίων σε φυτά πραγματοποιούνται όχι μόνο με τη μεταφορά των επιθυμητών χαρακτηριστικών, αλλά με τη μετάδοση κάποιας αλυσίδας γονιδίων. Οι αναλύσεις της μοριακής βιολογίας αποκαλύπτουν εάν το φυτό έχει υποστεί γενετική τροποποίηση.
