Yleisesti ottaen mikrobiologiset analyysit ovat testejä ja analyysejä, jotka on tehty elintarvikkeiden terveyden määrittämiseksi. Mikrobiologian laboratorioissa tehtyjen analyysien aikana tutkitaan seuraavien elintarvikkeiden sisältämien elementtien esiintymistä:
Patogeenimikro-organismit
Indikaattoribakteerit
Hajoavat mikro-organismit
Steriloitujen tuotteiden lisäksi tietyissä mikro-organismien tyypeissä ja lukumäärissä on välttämättä esiintyä kulutettuja elintarvikkeita. Ne välitetään elintarvikkeeseen eri vaiheissa raaka-aineesta käsittelyyn ja kuluttajalle toimittamiseen. Näiden mikro-organismien lukumäärä ja kontaminaation estäminen riippuvat tuotannon aikana toteutettavista hygieniatoimenpiteistä. Mikro-organismit ovat luonnollisesti elintarvikkeiden raaka-aineissa.
Valitettavasti erilaisissa tuotantoprosesseissa, pakkauksissa, varastoinnissa ja kuljetuksissa nämä mikro-organismit voivat myöhemmin saastuttaa ruokaa.
Itse asiassa elintarvikkeissa olevat mikro-organismit ovat tiettyyn raja-arvoon asti jo odotettavissa. On kuitenkin tärkeää, ettei mikään mikro-organismeja aiheuta elintarvikkeiden hajoamista ja ihmisen häiriöitä. Elintarvikkeiden laatua kutsutaan indikaattorimikro-organismeiksi. Kuitenkin mikro-organismeja, jotka aiheuttavat infektioita, myrkytyksiä ja ihmisiä, kutsutaan patogeenisiksi mikro-organismeiksi.
Osa elintarvikkeista on riskialttiimpia, koska ne tukevat mikro-organismien kasvua niissä. Mikro-organismien saastumisriski on pienempi kuivalle elintarvikkeelle ja riittävästi lämpökäsitellyille elintarvikkeille. Herkkyys, joka näkyy vain elintarvikealan tuotantovaiheissa, ei kuitenkaan riitä mikrobiologiseen saastumiseen.
Jotta saavutettaisiin kuluttajat, joilla on samat ominaisuudet, on välttämätöntä olla varovainen kuljetus- ja jakeluprosesseissa. Jotkut mikro-organismit saattavat aiheuttaa vaaraa ihmisten terveydelle, vaikka ne olisivatkin vähäisiä. Koska ruoan ulkonäkö ja maku ei kuitenkaan ole ongelma kulutuksen aikana, kuluttajan on mahdotonta huomata sitä.
