Yleisimmin käytetty menetelmä molekyylibiologian analyysissä on DNA-pohjainen polymeraasiketjureaktio (PCR). Tätä menetelmää käytetään elintarvikkeiden mikrobiologisessa analyysissä ja sillä on suuri herkkyys.
Polymeraasiketjureaktiomenetelmä (PCR) otettiin ensimmäistä kertaa käyttöön 1985issa ja teki läpimurron tutkimuksessa. Tätä analyysimenetelmää käytetään elintarvikkeiden sisältämien geneettisten muutosten määrän määrittämiseen. Tämän menetelmän perustana on nukleiinihappojen monistaminen sopivissa olosuhteissa. PCR-tekniikassa on mahdollista työskennellä pienen määrän DNA: n kanssa. Tämä tekniikka tarjoaa suuren nopeuden ja tarkkuuden laboratoriotutkimuksissa.
Nykyisin elintarvikkeista peräisin olevat patogeeniset mikro-organismit aiheuttavat enemmän sairauksia, kuolemia ja taloudellisia tappioita kuin aikaisemmin. Tästä syystä elintarviketeollisuudessa tarvitaan testaus- ja analyysimenetelmiä, jotka tuottavat nopeampia ja tarkempia tuloksia kuin tavanomaiset elintarviketurvallisuusmenetelmät. Molekyylibiologiset menetelmät kehitetään ja niitä käytetään elintarvikemikrobiologiassa molekyylikentän kehityksen ansiosta viime vuosina. Näiden menetelmien käyttö on tullut välttämättömäksi ihmisten terveyden suojelemiseksi ja ympäristöolosuhteiden herkemmäksi.
Genotyyppiset menetelmät ovat edullisempia mikro-organismien tunnistamisessa. Kasvien geneettisten ominaisuuksien muokkaaminen on prosessi, jolla muutetaan kasvin DNA: ta esimerkiksi siirtämällä tietty geeni mikro-organismista.
Tällä tavalla halutut ominaisuudet annetaan kasveille. Esimerkiksi soijapapujen tuotannossa tehdään geeninsiirto helpottamaan rikkaruohojen hallintaa vaikuttamatta tämän kasvin normaaliin kasvuun. Normaalisti nämä geenisiirrot kasveille tehdään paitsi siirtämällä halutut piirteet, mutta lähettämällä tietty geeniketju. Molekyylibiologian analyysit osoittavat, onko kasveilla tehty geneettinen muutos.
