Mikrobiyolojik analizler genel olarak, gıda ürünlerinin sağlıklı olup olmadıklarını belirlemeye yönelik gerçekleştirilen test ve analiz çalışmalarıdır. Mikrobiyoloji laboratuvarlarında yapılan bu analizler sırasında, gıda ürünlerinde şu unsurların varlığı araştırılmaktadır:
Patojen mikroorganizmalar
İndikatör bakteriler
Bozulmaya yol açan mikroorganizmalar
Sterilize edilen ürünler dışında tüketilen gıda maddelerinde, belli tür ve sayıda mikroorganizmalar mutlaka bulunmaktadır. Bunlar gıda ürününe hammaddeden başlayarak, işlenmesi ve tüketiciye sunulmasına kadar çeşitli aşamalarda bulaşmaktadır. Bu mikroorganizmaların sayısı ve bulaşmanın önlenmesi, üretim aşamalarında alınacak hijyen önlemlerine bağlıdır. Gıda hammaddelerinde mikroorganizmalar doğal olarak bulunmaktadır.
Maalesef çeşitli üretim süreçlerinde, ambalajlama, depolama ve taşıma faaliyetlerinde bu mikroorganizmalar sonradan gıdaya bulaşabilmektedir.
Aslında belirli bir sınır değere kadar gıdalarda mikroorganizma olması zaten beklenen bir durumdur. Ancak önemli olan, gıdanın bozulmasına ve insanların rahatsızlanmasına neden olan mikroorganizmaların bulunmamasıdır. Gıda maddelerinin kalitesi konunuda fikir elde etmek açısından bakılan mikroorganizma türlerine indikatör mikroorganizmalar denmektedir. Ancak insanlarda enfeksiyonlara, zehirlenmelere ve hastalıklara yol açan mikroorganizmalara ise patojen mikroorganizmalar denmektedir.
Gıda ürünlerinde bazıları, içlerinde bulunan mikroorganizmaların gelişimini desteklediği için daha risklidir. Kuru gıdalar ve yeterli ısıl işlem görmüş gıdalar için mikroorganizma bulaşma riski daha düşüktür. Ancak gıda sektöründe sadece üretim aşamalarında gösterilecek hassasiyet mikrobiyolojik bulaşma açısından yeterli değildir.
Gıda maddelerinin tüketicilere aynı özellikte ulaşması açısından nakliye ve dağıtım süreçlerinde de dikkatli olmak gerekmektedir. Bazı mikroorganizma türleri sayıca çok az olsa bile, insan sağlığı için risk teşkil edebilir. Ancak tüketim sırasında gıdanın görünüş ve tadında bir sorun olmayacağı için, tüketici tarafından için farkedilmesi imkansızdır.
